Dans le réacteur biologique, on maintient en suspension une culture bactérienne pour la dégradation biologique aérobie de la matière organique. A partir de ce réacteur biologique, l’eau est dirigée vers un décanteur secondaire, ou les boues sont séparées de l’effluent épuré. Une partie de ces boues est recirculée au réacteur biologique pour maintenir une concentration optimale de microorganismes, et le reste est dirigé vers une ligne de traitement des boues